1. Kun päiväkoti, koulu tai oppilaitos on liittynyt ohjelmaan, se perustaa lapsista tai nuorista ja aikuisista koostuvan ympäristöraadin, joka suunnittelee, ohjaa ja arvioi toimintaa.

2. Ympäristöraati valitsee yhden kuudesta teemasta: vesi, energia, jätteiden vähentäminen, lähiympäristö, kestävä kulutus tai yhteinen maapallo.

3. Alkukartoituksessa selvitetään, mikä on lähtötilanne ympäristökuormituksen, toimintatapojen ja ympäristötietoisuuden suhteen.

4. Tulosten perusteella ympäristöraati asettaa tavoitteet projektille.

5. Laaditaan toimintasuunnitelma, johon kirjataan kartoituksen tulokset, tavoitteet ja suunnitelma toiminnasta, jolla tavoitteisiin päästään. Se lähetetään Suomen Ympäristökasvatuksen Seuraan, joka antaa siitä kirjallisen palautteen.

6. Vihreä lippu -toiminta jatkuu koko lukuvuoden tai kalenterivuoden ajan. Koko yhteisö osallistuu toimintaan. Uusia arkikäytäntöjä harjoitellaan, ympäristökuormitusta vähennetään, teemaa tutkitaan ja opiskellaan, ja tehdään yhteistyötä lähiyhteisöjen kanssa.

7. Loppukartoitus tehdään samalla tavoin kuin alkukartoitus. Tuloksia vertaamalla voidaan arvioida yhteisiä saavutuksia. Lisäksi arvioidaan projektia kokonaisuutena: mitkä olivat hyviä kokemuksia, mitä halutaan ensi kerralla tehdä toisin?

8. Projektin päätteeksi laaditaan raportti. Raportissa vastataan kysymyksiin, jotka liittyvät projektin toteutumiseen itse asetettujen tavoitteiden ja Vihreä lippu -kriteereiden mukaisesti.

9. Vihreä lippu -raportit arvioi Suomen Ympäristökasvatuksen Seura ja Vihreä lippu -toimikunta. Päiväkoti, koulu tai oppilaitos saa kirjallisen palautteen toiminnastaan. Jos toimikunta hyväksyy raportin, osallistuja saa Vihreän lipun käyttöoikeuden kahdeksi vuodeksi. Seuraavan lukukauden alussa aloitetaan uusi projekti uudella teemalla.